
檢測基因范圍:靶向 523 個(gè)基因,可評(píng)估所有 DNA 和 RNA 變異類型,包括單核苷酸變異(SNV)、拷貝數(shù)變異(CNV)、插入缺失(Indel)、融合,同時(shí)涵蓋微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)和腫瘤突變負(fù)荷(TMB)的檢測,能全面解析腫瘤相關(guān)基因信息。
樣本類型與用量:適用于 FFPE 組織樣本,DNA 用量為 40 ng,RNA 用量為 40 - 80 ng,對(duì)珍貴的腫瘤樣本具有較好的兼容性。
測序深度與靈敏度:通過 “超覆蓋度探針" 設(shè)計(jì),確保低頻突變區(qū)域測序深度達(dá) 1000× 以上。針對(duì) 0.5% 等位基因頻率的 KRAS G12D 突變,檢出率高達(dá) 98% ,且假陽性率<0.1%;對(duì)腫瘤組織樣本中 0.1% 的低頻突變,當(dāng)測序深度達(dá) 5000× 時(shí),檢出率仍保持 90% 以上,能精準(zhǔn)捕獲腫瘤異質(zhì)性中的低頻突變信息。
測序平臺(tái)兼容性:可在 NovaSeq X 系列、NextSeq 1000 系統(tǒng)、NextSeq 2000 系統(tǒng)等多種 Illumina 主流測序平臺(tái)上使用,支持靈活的實(shí)驗(yàn)規(guī)模選擇。在 NextSeq 1000 和 NextSeq 2000 系統(tǒng)上,每次運(yùn)行可處理 8 - 36 個(gè)樣本;在 NovaSeq 6000 系統(tǒng)上,可處理 16 - 192 個(gè)樣本;在 NovaSeq X 系列上,可處理 32 - 960 個(gè)樣本 。
數(shù)據(jù)產(chǎn)出時(shí)間:從樣本到結(jié)果僅需 4 - 5 天,通過手動(dòng)或自動(dòng)化工作流程,結(jié)合即用型 Dragen 二次分析流程,可快速獲取檢測結(jié)果 。
配套分析軟件:配套 Illumina Local Run Manager 軟件搭載 “腫瘤專用堿基識(shí)別模型",對(duì) InDel 類型突變的識(shí)別準(zhǔn)確率較傳統(tǒng)算法提升 30%,可有效區(qū)分真實(shí)突變與測序誤差。
文庫制備方法:采用機(jī)械 DNA 片段化和接頭連接的方式,無需 PCR 擴(kuò)增,避免了 PCR 擴(kuò)增引入的偏差和錯(cuò)誤,能更真實(shí)地反映基因組信息。
樣本類型與用量:適用于全基因組測序,推薦樣本為 DNA,用量為 1 μg 。
測序覆蓋度與質(zhì)量:在測序挑戰(zhàn)性區(qū)域(如 GC 富集區(qū)、啟動(dòng)子和重復(fù)區(qū)域)具有覆蓋能力,能提供高質(zhì)量的基因組覆蓋,減少文庫偏差和缺口,數(shù)據(jù)質(zhì)量高,可實(shí)現(xiàn)全基因組的變異檢測,為深入的基因組分析提供可靠數(shù)據(jù) 。
實(shí)驗(yàn)時(shí)間:總檢測時(shí)間為 5 小時(shí),其中手動(dòng)操作時(shí)間為 4 小時(shí),實(shí)驗(yàn)流程相對(duì)簡潔高效。
通量選擇:有多種通量選擇,帶單索引的試劑盒支持 24 個(gè)樣本的手動(dòng)低通量研究;帶 96 個(gè) CD 索引的試劑盒支持 96 個(gè)樣本的高通量研究,且可在液體處理機(jī)器人上實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化操作(也可手動(dòng)處理);IDT for Illumina 雙(UD)索引(24 或 96)可提高樣本復(fù)用率,實(shí)現(xiàn) reads 的準(zhǔn)確分配和流動(dòng)池的高效利用 。
適用測序平臺(tái):支持所有 Illumina 測序儀器,可根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求靈活選擇合適的測序平臺(tái),滿足不同規(guī)模的研究需求。
測序平臺(tái)特性:專為 NextSeq 550 系統(tǒng)設(shè)計(jì),該系統(tǒng)具備高靈活性和廣泛的應(yīng)用范圍,可開展從 mRNA - seq 到外顯子組測序等多種應(yīng)用 。
試劑性能提升:v2.5 版本的試劑采用了優(yōu)化的流動(dòng)池,能維持起始熒光強(qiáng)度,在整個(gè)運(yùn)行過程中性能更穩(wěn)定,可承受更高的濕度、溫度以及更長時(shí)間的儲(chǔ)存,同時(shí)延續(xù)了 v2 試劑和緩沖液墨盒的高精度特性 。
測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出:高輸出試劑盒的輸出量可達(dá) 120 GB(300 - cycle 高輸出試劑盒)、60 GB(150 - cycle 高輸出試劑盒);中輸出試劑盒的輸出量可達(dá) 39 GB(300 - cycle 中輸出試劑盒)、19.5 GB(150 - cycle 中輸出試劑盒) 。高輸出試劑盒每運(yùn)行一次最多可產(chǎn)生 400 M 個(gè)簇,中輸出試劑盒最多可產(chǎn)生 130M 個(gè)簇,能滿足不同深度的測序需求 。
樣本兼容性:兼容 DNA 和 RNA 樣本,可進(jìn)行雙端測序、測序控制、簇生成以及基于合成的測序,還配備了 PhiX v3 作為測序?qū)φ?,確保測序過程的準(zhǔn)確性和可靠性 。
數(shù)據(jù)穩(wěn)定性:試劑盒采用射頻識(shí)別(RFID)編碼耗材,可確保試劑的可追溯性和兼容性,有效提高實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的穩(wěn)定性和可重復(fù)性。
檢測對(duì)象與樣本類型:用于對(duì)血漿中的循環(huán)腫瘤 DNA(ctDNA)進(jìn)行全面基因組分析,樣本僅需 4 ml 血漿,從中提取 20 ng 的 cfDNA ,實(shí)現(xiàn)了對(duì)腫瘤的微創(chuàng)檢測。
檢測靈敏度與特異性:基于 UMI 的雜交捕獲文庫制備和深度測序技術(shù),對(duì)單核苷酸變異(SNV)的檢測靈敏度可達(dá) 0.2% VAF,分析靈敏度≥95%(小變異,≥0.5% VAF),分析特異性≥99.995%(小變異,≥0.5% VAF) ,能精準(zhǔn)檢測血漿中微量的腫瘤相關(guān)基因突變。
檢測基因范圍與內(nèi)容:靶向 523 個(gè)基因,可評(píng)估主要變異類型的 DNA 變異(如 SNV、MNV、Indel、CNV 和基因重排),同時(shí)涵蓋關(guān)鍵的免疫腫瘤基因特征(TMB、MSI),為腫瘤的精準(zhǔn)診斷和免疫治療方案的制定提供全面依據(jù) 。
實(shí)驗(yàn)流程與時(shí)間:從純化核酸到變異報(bào)告僅需 3 - 4 天,文庫制備可在一天內(nèi)完成,采用化學(xué)技術(shù)和便于自動(dòng)化的試劑盒及方法,大大縮短了檢測周期。配合 Dragen 二次分析,可在本地或云端快速進(jìn)行變異調(diào)用 。
測序平臺(tái)兼容性:與 NovaSeq 6000(NovaSeq 6000Dx 研究模式)和 NovaSeq X 系列兼容,提供靈活的測序選擇。在 NovaSeq X 系列上,運(yùn)行時(shí)間縮短近 40%,批次規(guī)模更靈活(4 - 48 個(gè)樣本) 。
